MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Synechocystis sp. PCC 6803 plasmid pCC5.2_M

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020290	ATT	2	6	36	41	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	451816782
2	NC_020290	TTA	2	6	136	141	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	451816782
3	NC_020290	CCTGC	2	10	159	168	0 %	20 %	20 %	60 %	451816782
4	NC_020290	TTC	2	6	208	213	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	451816782
5	NC_020290	A	6	6	405	410	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020290	TCT	2	6	539	544	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_020290	TA	3	6	553	558	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020290	TTG	2	6	562	567	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020290	AAT	2	6	646	651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020290	TA	3	6	665	670	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020290	AAT	2	6	727	732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451816783
12	NC_020290	AGA	2	6	774	779	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	451816783
13	NC_020290	CCG	2	6	846	851	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	451816783
14	NC_020290	CGC	2	6	854	859	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	451816783
15	NC_020290	ATG	2	6	878	883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	451816783
16	NC_020290	TCC	2	6	897	902	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	451816783
17	NC_020290	C	8	8	918	925	0 %	0 %	0 %	100 %	451816783
18	NC_020290	T	7	7	926	932	0 %	100 %	0 %	0 %	451816783
19	NC_020290	A	6	6	1087	1092	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020290	GCAA	2	8	1128	1135	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_020290	A	6	6	1134	1139	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020290	TCG	3	9	1176	1184	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_020290	TAA	2	6	1198	1203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020290	TAT	2	6	1264	1269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020290	ATTTA	2	10	1313	1322	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020290	CAA	2	6	1402	1407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_020290	A	8	8	1406	1413	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020290	AGG	2	6	1421	1426	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020290	TGC	2	6	1437	1442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020290	A	6	6	1446	1451	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020290	AAG	2	6	1455	1460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020290	A	6	6	1474	1479	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020290	CAA	2	6	1513	1518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_020290	AAAAG	2	10	1563	1572	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020290	CCA	2	6	1620	1625	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	451816784
36	NC_020290	A	6	6	1674	1679	100 %	0 %	0 %	0 %	451816784
37	NC_020290	AGA	2	6	1707	1712	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	451816784
38	NC_020290	CAGG	2	8	1863	1870	25 %	0 %	50 %	25 %	451816784
39	NC_020290	AAGAC	2	10	1925	1934	60 %	0 %	20 %	20 %	451816784
40	NC_020290	CAA	2	6	1994	1999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	451816784
41	NC_020290	CCG	2	6	2004	2009	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	451816784
42	NC_020290	ACC	2	6	2046	2051	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	451816784
43	NC_020290	ATC	2	6	2087	2092	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	451816784
44	NC_020290	G	6	6	2119	2124	0 %	0 %	100 %	0 %	451816784
45	NC_020290	GCC	2	6	2137	2142	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	451816784
46	NC_020290	ATT	2	6	2217	2222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	451816784
47	NC_020290	GGCT	2	8	2315	2322	0 %	25 %	50 %	25 %	451816784
48	NC_020290	TGA	2	6	2394	2399	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	451816784
49	NC_020290	ACC	2	6	2548	2553	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	451816784
50	NC_020290	AAT	2	6	2559	2564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451816784
51	NC_020290	TGG	2	6	2615	2620	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	451816784
52	NC_020290	CACT	2	8	2654	2661	25 %	25 %	0 %	50 %	451816784
53	NC_020290	CCGG	2	8	2690	2697	0 %	0 %	50 %	50 %	451816784
54	NC_020290	CAT	2	6	2814	2819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	451816784
55	NC_020290	TGA	2	6	2823	2828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	451816784
56	NC_020290	ATT	2	6	2850	2855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	451816784
57	NC_020290	CGC	3	9	2925	2933	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	451816784
58	NC_020290	G	6	6	2940	2945	0 %	0 %	100 %	0 %	451816784
59	NC_020290	ATT	2	6	2950	2955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	451816784
60	NC_020290	GGT	2	6	3010	3015	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	451816784
61	NC_020290	A	7	7	3136	3142	100 %	0 %	0 %	0 %	451816784
62	NC_020290	TCTA	2	8	3175	3182	25 %	50 %	0 %	25 %	451816784
63	NC_020290	CAA	2	6	3185	3190	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	451816784
64	NC_020290	TAGA	2	8	3302	3309	50 %	25 %	25 %	0 %	451816784
65	NC_020290	AGA	2	6	3315	3320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	451816784
66	NC_020290	TCA	2	6	3332	3337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	451816784
67	NC_020290	TGA	2	6	3384	3389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	451816784
68	NC_020290	TAA	2	6	3498	3503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451816784
69	NC_020290	CTA	2	6	3572	3577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	451816784
70	NC_020290	TGA	3	9	3615	3623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	451816784
71	NC_020290	TAT	2	6	3651	3656	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	451816784
72	NC_020290	GGC	2	6	3657	3662	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	451816784
73	NC_020290	GAA	2	6	3678	3683	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	451816784
74	NC_020290	ACT	2	6	3697	3702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	451816784
75	NC_020290	GAA	2	6	3718	3723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	451816784
76	NC_020290	AC	3	6	3728	3733	50 %	0 %	0 %	50 %	451816784
77	NC_020290	AGAA	2	8	3734	3741	75 %	0 %	25 %	0 %	451816784
78	NC_020290	GGAAA	2	10	3814	3823	60 %	0 %	40 %	0 %	451816784
79	NC_020290	AGA	2	6	3966	3971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	451816784
80	NC_020290	TGGC	2	8	3994	4001	0 %	25 %	50 %	25 %	451816784
81	NC_020290	ATT	2	6	4016	4021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	451816784
82	NC_020290	CAC	2	6	4026	4031	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	451816784
83	NC_020290	CAA	2	6	4242	4247	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	451816784
84	NC_020290	A	7	7	4324	4330	100 %	0 %	0 %	0 %	451816784
85	NC_020290	T	6	6	4430	4435	0 %	100 %	0 %	0 %	451816784
86	NC_020290	GGT	2	6	4439	4444	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	451816784
87	NC_020290	TTA	2	6	4495	4500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	451816784
88	NC_020290	ATG	2	6	4542	4547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020290	CAT	2	6	4614	4619	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	451816785
90	NC_020290	CAC	2	6	4631	4636	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	451816785
91	NC_020290	ATT	2	6	4680	4685	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	451816785
92	NC_020290	CGC	4	12	4879	4890	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	451816786
93	NC_020290	CAC	2	6	4963	4968	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	451816786
94	NC_020290	GTC	2	6	4976	4981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	451816786
95	NC_020290	TCC	2	6	4983	4988	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	451816786
96	NC_020290	GGA	2	6	5019	5024	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	451816786
97	NC_020290	CAC	6	18	5069	5086	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	451816786
98	NC_020290	AC	4	8	5085	5092	50 %	0 %	0 %	50 %	451816786
99	NC_020290	ATT	2	6	5183	5188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.